如果法国南特大学的留学生学历认证过程中出现了挂科的情况，可以采取以下步骤来处理：
1. 了解政策：需要了解中国教育部留学服务中心关于学历认证挂科的具体政策。通常情况下，学历认证会要求申请者提供完整的成绩单，且成绩单上不应有挂科记录。
2. 咨询学校：联系南特大学的相关部门，如教务处或国际交流处，了解学校对于挂科学生的处理办法，以及是否有特殊的补考或重修政策。
3. 补考或重修：如果学校允许，可以通过补考或重修来提高成绩，直至满足学历认证的要求。
4. 提供解释：在学历认证申请时，可以附上书面解释，说明挂科的原因，以及之后的学习成绩提升情况。
5. 提供相关证明：准备挂科期间的学习计划和成绩提升证明，如课程补考成绩单、重修证明等。
6. 申请认证：按照留学服务中心的要求，提交完整的学历认证申请材料，包括成绩单、解释信、证明材料等。
7. 耐心等待：学历认证过程可能需要一段时间，期间保持与留学服务中心的沟通，了解认证进度。
8. 准备应对方案：如果学历认证仍然无法通过，可以考虑以下方案：
继续学习：如果挂科不多，可以选择继续在南特大学完成学业，获得完整的学历和成绩。
转学：如果学业压力过大，可以考虑转学到其他学校继续学习。
国内学习：如果在国内有合适的学习机会，也可以考虑回国继续学习。
在整个过程中，保持积极的态度和合理的沟通是非常重要的。同时，也要注意遵守相关法律法规，确保所提供的材料真实有效。
