农村信用社农民粮食直补款存折丢失后，补办存折的具体流程和麻烦程度可能因地区和信用社的不同而有所差异，以下是一般情况下的处理步骤和可能遇到的问题：
1. 挂失：首先需要到农村信用社办理挂失手续。挂失通常需要提供身份证等有效证件。
2. 填写申请：填写补办存折的申请表，说明存折丢失的原因。
3. 等待审核：信用社会对挂失和补办申请进行审核，这个过程可能需要一段时间。
4. 补办存折：审核通过后，信用社会重新为您的粮食直补款开立新的存折。
可能遇到的麻烦：
时间成本：挂失和补办存折可能需要几天到几周的时间，具体取决于信用社的工作效率和当地的政策。
手续繁琐：需要亲自到信用社办理，可能需要排队等候，尤其是在农村信用社较为繁忙的时候。
资料准备：需要准备相关的身份证明材料，如身份证、户口本等。
资金冻结：在挂失期间，原有的粮食直补款可能会被冻结，直到新存折补办完成。
为了减少麻烦，建议您：
尽早到信用社办理挂失手续。
保持与信用社的联系，了解补办进度。
提前准备好所有需要的材料。
总体来说，补办存折是一个相对繁琐的过程，但只要按照信用社的流程操作，通常不会遇到太大的困难。
