集装箱物流行业在中国运营时，需要办理以下几种证件：
1. 营业执照：企业必须拥有合法的营业执照，这是企业进行商业活动的基础。
2. 道路运输经营许可证：如果物流公司涉及道路运输，需要向交通运输部门申请道路运输经营许可证。
3. 道路运输证：对于从事道路货物运输的企业，还需取得道路运输证，用于证明其合法运输资格。
4. 海关监管场所注册登记证书：对于从事进出口业务的集装箱物流企业，需要向海关申请注册，获得海关监管场所注册登记证书。
5. 报关单位注册登记证书：如果企业需要办理进出口报关业务，需向海关申请注册，获得报关单位注册登记证书。
6. 国际货物运输代理业务经营许可证：如果企业涉及国际货物运输代理业务，需要向商务部申请国际货物运输代理业务经营许可证。
7. 税务登记证：企业需到税务机关办理税务登记，取得税务登记证。
8. 安全生产许可证：从事运输业务的企业需要具备安全生产条件，并取得安全生产许可证。
9. 环保审批文件：根据企业所在地的环保要求，可能需要取得相应的环保审批文件。
10. 消防验收合格证：企业必须通过消防验收，获得消防验收合格证。
11. 员工健康证明：从事运输工作的员工需要定期进行健康检查，并持有健康证明。
12. 货物安全运输证明：根据运输的货物类型，可能需要提供相应的货物安全运输证明。
在办理这些证件时，企业需要根据自身业务范围和所在地政府的要求，准备相应的申请材料，并按照规定程序提交申请。同时，企业还需注意定期对证件进行年审和更新，以确保合法运营。
