南京大学天文系和清华大学天文系都是中国顶尖的天文系，各有特色和优势。
南京大学天文系历史悠久，其前身可以追溯到20世纪20年代，是中国最早的天文系之一。南京大学天文系在恒星物理、星系与宇宙学、天体物理技术等领域有着深厚的学术积累和丰富的教学经验。
清华大学天文系则是以现代天文学的研究为特色，尤其是在天体物理、宇宙学、射电天文等方面有着较高的研究水平。清华大学在工程、技术方面的优势也为其天文系的研究提供了有力支持。
两所学校的天文系各有侧重，具体哪个更好，取决于以下几个因素：
1. 研究方向：根据你的兴趣和研究方向，选择一个在该领域有更强实力的学校。
2. 师资力量：考察两所学校的教授、研究员的学术背景和研究成果。
3. 科研条件：包括实验室设施、观测设备、国际合作等。
4. 教学质量：了解两所学校的教学方法、课程设置等。
5. 地理位置：这可能会影响你的实习机会、就业前景等。
建议你可以根据自己的兴趣和需求，结合以上因素，综合评估两所学校的天文系，从而做出更适合自己的选择。
