根据中国现行的法律法规，公务员乡镇补贴通常是为了补偿乡镇公务员在偏远地区工作时的生活成本和交通不便等困难，属于工资的一部分。一般情况下，乡镇补贴是不能被扣除的，除非有法律或政策明确规定可以扣除。
但是，如果存在以下情况，乡镇补贴可能会被扣除：
1. 违法违纪：公务员因违法违纪被扣除部分工资或补贴。
2. 拖欠税款：公务员有拖欠税款等行为，可能需要从工资或补贴中扣除。
3. 其他法律规定：按照国家有关法律法规，如果存在其他需要从工资或补贴中扣除的情形，乡镇补贴也可能被扣除。
在实际操作中，任何关于工资和补贴的扣除都应当遵循相关法律法规，并且需要经过合法程序。公务员和用人单位都应当了解清楚相关法律规定，确保操作的合法性和合理性。如果对扣除乡镇补贴有疑问，可以咨询当地的劳动保障部门或法律专业人士。
