电子信息工程专业的毕业生在考编时，可以选择以下几个部门：
1. 科技和信息化部门：如科技局、工业和信息化局等，负责地方科技、信息产业发展和管理工作。
2. 通信管理局：负责地方通信行业的管理和监督。
3. 电子政务中心：负责政府信息化建设，包括电子政务系统、数据中心的运维等。
4. 公安部门：特别是公安信息化部门，负责公安系统信息化建设、网络安全等工作。
5. 国家安全部门：涉及信息安全、网络技术等方面的工作。
6. 教育部门：如教育局、高等教育处等，负责教育信息化建设和管理工作。
7. 企事业单位：如国有企业、科研院所、大型企业等，负责企业信息化建设、技术研发等。
8. 城市管理局：负责城市管理信息化建设，如智慧城市建设、城市运行管理等。
9. 交通部门：负责交通信息化建设，如智能交通系统、交通监控等。
10. 医疗卫生部门：负责医疗卫生信息化建设，如电子病历、远程医疗等。
根据个人兴趣和专业技能，可以针对上述部门进行相应的职位报考。同时，不同地区和单位的招聘要求可能会有所不同，建议关注当地人事考试网或相关部门的公告，以便获取最新的招聘信息。
