是的，自考生是可以报考东南大学研究生的。根据我国教育部的相关规定，自学考试本科毕业生在获得毕业证书后，可以按照同等学力身份报考研究生。
东南大学作为一所知名的高等学府，其研究生招生简章中通常会明确说明报考条件，其中会包括对自考生报考的要求。一般来说，自考生需要满足以下条件：
1. 获得自学考试本科毕业证书。
2. 按照东南大学研究生招生简章的要求，参加全国硕士研究生统一入学考试。
3. 符合东南大学相关专业的研究生入学条件。
虽然自考生可以报考东南大学的研究生，但在录取时可能会与全日制本科生存在一定的差异。具体要求以东南大学当年的研究生招生简章为准。建议您在报考前详细阅读招生简章，了解具体的报考条件和流程。
