港澳通行证逗留90天的办理流程如下：
1. 准备材料：
有效的居民身份证；
近期免冠彩色照片；
填写完整的《往来港澳通行证申请表》；
如果是首次申请，需要提交户口簿；
根据目的地的不同，可能需要提交不同的证明材料，如旅游、商务、探亲等。
2. 选择办理方式：
窗口办理：前往当地公安局出入境管理部门提交申请；
网上办理：登录国家移民管理局的官方网站或使用相关手机APP提交申请。
3. 提交申请：
如果选择窗口办理，按照工作人员的指引提交材料；
如果选择网上办理，按照系统提示填写信息、上传材料并提交。
4. 缴纳费用：
往来港澳通行证的费用通常包括通行证费用和签注费用。具体费用请咨询当地出入境管理部门。
5. 等待审批：
窗口办理通常需要现场拍照、指纹采集等，时间可能较长；
网上办理审批时间相对较短，一般几天到一周内即可。
6. 领取证件：
窗口办理：审批通过后，携带身份证原件到出入境管理部门领取；
网上办理：审批通过后，可以通过快递方式领取，或者到出入境管理部门自取。
请注意，具体办理流程和所需材料可能因地区而异，建议在办理前咨询当地出入境管理部门。
