农村自建房三楼楼顶建水池是否安全，需要考虑以下几个因素：
1. 结构承重：要确保楼顶的承重能力是否能够承受水池的重量。水池中水的重量加上池体本身的重量，对楼顶结构是一个考验。需要咨询专业结构工程师进行评估。
2. 防水措施：楼顶建水池必须做好防水工作，防止水渗漏到楼下，影响下层居住环境。防水材料的选择和施工质量至关重要。
3. 排水系统：水池需要有良好的排水系统，以防雨水过多时造成溢水。排水系统设计要合理，避免积水。
4. 安全防护：水池周围应设置安全防护措施，如护栏等，防止儿童或其他人员不慎坠落。
5. 日常维护：水池需要定期清理和维护，防止藻类滋生，影响水质和结构安全。
6. 法规政策：了解当地政府对楼顶建水池的相关政策和规定，确保符合法规要求。
如果以上条件都能得到妥善处理，三楼楼顶建水池在技术上是可以实现的。但出于安全考虑，建议在实施前咨询专业人士，确保万无一失。
