员工提交了辞职报告但未签署解除劳动合同证明，以下是一些建议的处理步骤：
1. 确认辞职意愿：
首先确认员工确实有辞职的意愿，并了解其辞职的原因。
2. 审查辞职报告：
检查辞职报告是否符合公司规定，包括辞职流程、提前通知期限等。
3. 沟通确认：
与员工进行沟通，了解其是否因误会或特殊情况未签署解除劳动合同证明。
4. 补签解除劳动合同证明：
如果确认员工没有其他特殊原因，应要求其尽快签署解除劳动合同证明。这通常包括但不限于以下内容：
确认双方解除劳动合同的日期。
明确双方的权利和义务，如工资结算、离职手续等。
如有竞业限制协议，也应在此阶段明确相关条款。
5. 办理离职手续：
根据公司规定和员工情况，办理离职手续，包括但不限于：
工资结算。
工作交接。
社会保险、公积金等转移或结算。
6. 归档资料：
将辞职报告、解除劳动合同证明等相关资料归档，以备日后查询。
7. 后续跟进：
在员工离职后，如有必要，可进行后续跟进，确保双方权益得到保障。
在整个处理过程中，应确保遵循国家相关法律法规，尊重员工的合法权益，维护公司的正常运营。如有疑问，可咨询专业法律人士。
