发票是真的但查询系统查不到，可能有以下几个原因：
1. 发票未录入系统：可能是因为开具发票的商家尚未将发票信息录入到发票查询系统中。
2. 系统延迟：有时候系统会有短暂的延迟，可能需要等待一段时间后才能查询到发票信息。
3. 查询系统问题：查询系统可能出现了故障或维护，导致暂时无法查询到发票信息。
4. 发票代码或号码错误：在输入查询时，可能因为发票代码或号码输入错误，导致无法查询到正确的发票信息。
5. 发票类型不支持：某些类型的发票可能不在查询系统的支持范围内。
6. 发票已作废：发票可能已经被作废，因此无法在系统中查询到。
7. 发票尚未联网：如果开具发票的商家使用的系统尚未联网，那么发票信息可能暂时无法上传到查询系统。
8. 发票信息被篡改：虽然发票本身是真的，但如果发票上的信息被篡改过，那么在查询时可能会出现无法找到的情况。
建议您尝试以下方法：
确认发票信息无误，重新输入查询。
等待一段时间后再次尝试查询。
联系发票开具方确认发票是否已上传至系统。
检查查询系统是否有公告或通知，了解是否处于维护或故障状态。
如果以上方法都不能解决问题，请联系相关税务机关或客服进行咨询。
