在日本，在留卡（在留資格証明書）上的打洞通常意味着该卡已经过户或转移给了新的居住地。在日本，如果外国人的在留卡需要更换地址或者转移给新的居住地，通常会在在留卡上打洞，并附上新的地址信息。
打洞本身并不直接意味着留学签证失效。留学签证的有效性通常由在留卡上的签证期限决定。如果打洞是在有效期内进行的，并且是按照规定程序进行的，那么留学签证仍然是有效的。
但是，如果打洞是在在留卡即将过期或者签证已经失效的情况下进行的，那么可能意味着持卡人已经失去了合法居留的状态。此时，持卡人需要重新申请签证或者采取其他合法途径恢复居留资格。
在留卡打洞并不直接导致留学签证失效，但持卡人应当注意保持自己的在留卡和签证状态合法有效，避免违法行为。如果有任何疑问，建议咨询日本大使馆、领事馆或移民局等相关机构。
