沈阳商转公（商业贷款转公积金贷款）需要等待五年的原因，主要是基于以下几个方面：
1. 风险控制：公积金贷款是国家为了支持职工住房消费而设立的政策性贷款，与商业贷款相比，公积金贷款利率较低，风险相对较小。为防止投机炒房行为，政府规定在商业贷款转公积金贷款时需要一定的时间间隔，以减少贷款风险。
2. 政策调控：房地产市场调控政策要求稳定房价，防止投机炒房。五年等待期是政府调控房地产市场的手段之一，旨在减少短期内频繁转换贷款行为，避免对房地产市场造成不必要的波动。
3. 政策导向：公积金贷款的初衷是帮助职工解决住房问题，而非用于投机。五年等待期可以确保贷款用途的正当性，防止贷款资金流入房地产市场投机领域。
4. 资金管理：公积金管理中心需要合理管理公积金资金，确保资金的安全性和流动性。五年等待期有助于公积金管理中心对资金进行有效管理。
不同地区的政策可能有所不同，具体规定请以当地公积金管理中心的要求为准。同时，随着房地产市场的变化和政策的调整，五年等待期这一规定也可能发生变化。
