事业单位聘用制员工与单位发生纠纷时，通常应当根据纠纷的性质选择相应的仲裁途径。
1. 劳动仲裁：如果纠纷涉及劳动报酬、工作时间、休息休假、社会保险、福利待遇等劳动法调整的劳动关系问题，那么应当选择劳动仲裁。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，劳动仲裁是解决劳动争议的主要途径。
2. 人事仲裁：如果纠纷涉及人事管理、聘用合同、岗位设置、职称评定、考核奖惩等人事管理方面的问题，那么应当选择人事仲裁。人事仲裁主要解决事业单位内部的劳动人事争议。
在实际操作中，如果纠纷涉及劳动法和人事法两个领域的交叉问题，可以同时向劳动仲裁委员会和人事仲裁委员会申请仲裁，由仲裁委员会根据具体情况决定适用哪个领域的法律进行仲裁。
不同的地区可能有不同的规定，具体操作时应以当地的相关法律法规和实际操作流程为准。
