医疗机构配制制剂需要经过以下部门的批准：
1. 省、自治区、直辖市药品监督管理部门：医疗机构在配制制剂前，需要向所在地省、自治区、直辖市药品监督管理部门提出申请。
2. 卫生行政部门：在获得药品监督管理部门的批准后，医疗机构还需向其所在地的卫生行政部门备案。
3. 医疗机构内部批准：医疗机构还需根据内部管理规定，由医疗机构负责人审批。
具体流程如下：
申请前准备：医疗机构需要确保其制剂配制设施、检验仪器、人员资质等符合相关规定。
提交申请：向所在地省、自治区、直辖市药品监督管理部门提交制剂配制申请，包括制剂品种、规格、质量标准、配制工艺等。
审批：药品监督管理部门对申请进行审查，必要时进行现场检查。
备案：获得批准后，医疗机构向卫生行政部门备案。
配制：医疗机构按照批准的制剂品种、规格、质量标准、配制工艺进行配制。
以上流程旨在确保医疗机构配制的制剂符合国家标准，保障患者用药安全。
