水利工程作为一个专业，其设立时间可以追溯到清朝末年和民国时期。具体来说，中国最早的水利工程专业可能是在20世纪初开始设立的。当时，随着西方水利科学的传入，一些大学开始设立水利相关的课程和系科。
例如，1905年，南京的江南水师学堂（后更名为南京工学院，再后更名为东南大学）就开设了水利工程课程。1910年，清华大学的前身——清华学堂（清华学校）也开设了水利工程课程。这些是中国最早的水利工程专业教育的开端。
新中国成立后，随着国家对水利事业的高度重视，水利工程专业的教育和研究得到了快速发展。1952年，中国开始进行高等教育院系调整，水利工程专业的教育体系得到了进一步的完善和发展。
