计算机涉密系统的保护是一个复杂而细致的工作，涉及多个层面和环节。以下是一些按照涉密程度进行保护的方法：
低度涉密系统
1. 访问控制：限制用户权限，确保只有授权人员才能访问。
2. 物理安全：确保计算机设备存放在安全的地方，防止未授权的物理访问。
3. 软件保护：安装杀毒软件和防火墙，防止恶意软件的入侵。
中度涉密系统
1. 访问控制：使用多因素认证，如密码、指纹或面部识别。
2. 数据加密：对敏感数据进行加密，确保即使数据被窃取，也无法被未授权者读取。
3. 安全审计：记录和监控用户活动，以便在出现安全问题时进行调查。
4. 入侵检测系统：实时监控系统，检测和响应潜在的入侵行为。
高度涉密系统
1. 访问控制：采用严格的多因素认证，如智能卡、生物识别等。
2. 数据加密：使用高级加密标准，如AES-256。
3. 安全审计：实施严格的审计政策，记录所有操作和修改。
4. 入侵检测和防御系统：使用更高级的入侵检测和防御系统，如入侵防御系统（IDS）和入侵防御系统（IPS）。
5. 物理安全：加强物理安全措施，如设置安全门禁、监控摄像头等。
6. 安全培训：对员工进行安全培训，提高他们的安全意识。
特殊措施
1. 安全协议：制定严格的安全协议和操作流程。
2. 定期更新：定期更新操作系统和软件，以修补安全漏洞。
3. 备份和恢复：定期备份重要数据，并确保能够快速恢复。
4. 第三方审计：定期进行第三方安全审计，确保系统的安全性。
根据涉密程度的不同，采取相应的保护措施是非常重要的。在保护涉密系统时，需要综合考虑多个因素，并采取多层次、多角度的安全措施。
