重大火灾隐患单位如果不整改，相关部门会采取以下措施：
1. 责令限期整改：消防部门会下达整改通知，要求单位在规定期限内整改火灾隐患。
2. 实施行政处罚：如果单位逾期不整改或者整改后仍存在重大火灾隐患，消防部门可以依法对其进行行政处罚，如罚款、责令停产停业等。
3. 媒体曝光：对于严重违反消防安全规定、造成重大影响的单位，相关部门可以将其违法行为曝光于媒体，以警示其他单位。
4. 强制措施：在必要时，消防部门可以采取强制措施，如强制拆除违法建筑、强制停止使用违法设备等。
5. 追究刑事责任：如果火灾隐患单位的行为构成犯罪，如放火罪、重大责任事故罪等，司法机关将依法追究其刑事责任。
6. 列入“黑名单”：对于屡教不改、存在重大火灾隐患的单位，相关部门可以将其列入“黑名单”，限制其参与相关行业活动。
7. 社会监督：鼓励群众举报火灾隐患，对举报属实者给予奖励，形成全社会共同参与火灾隐患整治的良好氛围。
对于重大火灾隐患单位，相关部门会采取多种措施，确保火灾隐患得到及时整改，保障人民群众的生命财产安全。
