南京农业大学和合肥工业大学都是中国著名的农业类和综合性大学，各有其特色和优势。
南京农业大学位于江苏省南京市，是中国农业大学类高校中的佼佼者，其农业科学、生命科学等领域的研究实力较强，拥有较多的国家级重点学科和科研平台。学校在农业教育、科研和社会服务等方面都取得了显著成绩。
合肥工业大学位于安徽省合肥市，是安徽省人民政府和国家教育部共建的全国重点大学，也是“211工程”重点支持的大学之一。合肥工业大学在材料科学、机械工程、电子信息工程等领域具有较强的教学和科研实力。
具体哪个更好，这取决于多个方面：
1. 学科优势：如果考生对农业科学、生命科学等领域感兴趣，南京农业大学可能是更好的选择；如果考生对材料科学、机械工程等领域感兴趣，合肥工业大学可能更合适。
2. 地理位置：南京农业大学位于江苏省，而合肥工业大学位于安徽省。两个城市都是中国的重要城市，各有其独特的文化和社会环境。
3. 综合实力：两校都是“211工程”重点支持的大学，综合实力都比较强。
4. 个人兴趣：选择大学也应当考虑个人的兴趣和职业规划。
综上所述，两校各有特色，考生可以根据自己的兴趣和职业规划来选择。如果需要更详细的信息，建议参考各个高校的官方排名和评价。
