预付货款的增值税专用发票（简称“专票”）是可以抵扣的。根据中国现行的增值税制度，企业购买货物或接受服务支付的增值税专用发票可以作为进项税额进行抵扣。
具体来说，当企业支付预付款后，供应商在发货并开具增值税专用发票后，企业就可以将发票上的增值税额作为进项税额在计算应纳税额时进行抵扣。这意味着企业支付的增值税部分会减少其应缴纳的增值税金额。
以下情况可能影响专票的抵扣：
1. 发票信息不完整或不正确：如发票上的货物或服务名称、数量、金额等与实际交易不符。
2. 发票开具不符合规定：如未按照规定时限开具发票，或未使用规定的发票系统开具发票等。
3. 发票已作废：作废的发票不得用于抵扣。
只要满足相关条件和要求，预付货款的增值税专用发票是可以进行抵扣的。企业在操作时，应确保所有相关手续合规，以保障税款的合法抵扣。
