R型菌，在微生物学中通常指的是能够通过突变或基因转移获得抗生素耐药性的细菌。这里的“R”通常代表“resistant”，即“耐药”的意思。当细菌对原本有效的抗生素产生了抵抗力，我们就称这些细菌为R型菌。
例如，一个原本对青霉素敏感的细菌（S型菌）通过基因突变或水平基因转移，获得了对青霉素的耐药性，就变成了R型菌。这种现象在临床医学中非常重要，因为它导致了抗生素治疗失败的风险增加，迫使医生寻找其他治疗手段来对抗这些耐药菌。
随着抗生素的广泛使用，R型菌的数量在全球范围内不断增加，成为公共卫生领域的一个重要问题。
