在中国，不动产登记通常要求登记人的户口与不动产所在地一致。如果户口不在本村，理论上来说，办理不动产证可能会遇到一些困难，具体如下：
1.政策限制：一些地方政策可能明确规定，不动产登记申请人必须具有不动产所在地的户口。
2.办理流程：即使没有户口限制，办理不动产证时，也需要提供相关身份证明，户口证明等材料。如果户口不在本村，可能需要额外提供居住证明等材料。
3.地方差异：不同地区的政策可能有所不同，有的地方可能对户口不在本村的情况有特殊规定。
为了确保准确，以下建议：
咨询当地不动产登记机构：直接咨询当地的不动产登记机构，了解具体政策及所需材料。
了解地方政策：查阅当地相关政策文件，了解是否有关于户口与不动产登记的相关规定。
寻求法律帮助：如果遇到困难，可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务。
虽然户口不在本村可能会给办理不动产证带来一些不便，但具体情况还需根据当地政策及实际情况来确定。
