北京大学数学系和复旦大学数学系都是中国顶尖的数学系，它们在国内外都有很高的声誉。两所大学的数学系在学术研究、师资力量、教学质量等方面都有各自的优势，但要说差距大不大，这需要从多个维度来考量。
1.学术研究：两所大学的数学系都有丰富的科研成果，发表了许多高水平的学术论文。北京大学数学系在数学的某些领域（如代数几何、数论等）有较强的研究实力，而复旦大学数学系在偏微分方程、复分析等领域也有显著的研究成果。
2.师资力量：两所大学的数学系都拥有高水平的师资队伍，包括许多国内外知名的数学家。不过，北京大学作为中国顶尖的综合性大学，其数学系在师资力量上可能更为雄厚。
3.教学质量：两所大学的数学系都注重教学质量，为学生提供良好的学习环境。北京大学和复旦大学都有严格的教学管理制度，确保学生能够接受到高质量的教育。
4.学科排名：在一些国内外学科排名中，北京大学数学系和复旦大学数学系都位列前茅。不过，具体排名可能会有所不同。
北京大学数学系和复旦大学数学系各有特色，它们之间的差距并不大。选择哪所大学的数学系，还需根据个人的兴趣、发展方向和实际情况来决定。
