不在同一个户口本上证明父子关系，可以通过以下几种方式：
1.出生证明：如果父子关系是通过出生证明确立的，可以提供出生证明作为证据。
2.亲子鉴定：通过法医亲子鉴定，可以科学地证明父子关系。
3.法院判决：如果父子关系存在争议，可以通过法律途径，由法院判决确认父子关系。
4.户口迁移记录：如果父子曾经在一个户口本上，后来因为某些原因分开，可以提供户口迁移记录来证明曾经的关系。
5.其他相关证明：
医疗记录：如出生时的医疗记录、住院记录等。
家庭照片：能够证明父子关系的家庭照片。
亲属证言：亲属的证言也可以作为辅助证据。
其他法律文件：如继承、赠与等法律文件，也可能间接证明父子关系。
具体操作时，可以按照以下步骤进行：
收集证据：根据上述方法收集能够证明父子关系的证据。
咨询律师：在收集证据的过程中，可以咨询专业律师，了解法律程序和可能的法律风险。
提交申请：将收集到的证据提交给需要证明父子关系的机构或部门。
等待审核：提交申请后，等待相关部门或机构的审核结果。
请注意，具体操作可能因地区和具体情况而有所不同，建议根据实际情况进行调整。
